Monolix Suite 2021R1 リリースノート
2021年12月
今回のリリースでは、以下の機能強化とバグフィックスが行われています。
Global display
機能強化：
- すべてのソフトウェアのグローバル表示が改善されました。
- すべてのアプリケーションで、分割後のサブプロットの名前変更と順序付けが可能になりました。
- すべてのアプリケーションで、プロット軸上の目盛りをユーザーが定義できるようになりました。
- PKanalix および Monolix で、共変量の要約が Data タブに表示されるようになりました。
- PKanalix および Monolixで、Observed data プロットに、Arithmetic mean (算術平均) または Geometric mean (幾何平均) およびエラーバー (標準偏差または標準誤差) の表示オプションが追加されました。
- Monolix および Simulx で、モデルエディターがアプリケーションに埋め込まれるようになりました。
- すべてのアプリケーションで、ライブラリのモデル表示が高速になりました。
- 実行または編集の確認を求めるポップアップ警告ウィンドウに "don't show again" ボタンが表示されるようになりました。一度、ポップアップ警告ウィンドウを表示しないようにしても、Preferences で再び表示するように設定することもできます。
バグフィックス：
- オプション "-disable-gpu" は、2020 バージョンで機能しなくなりました。
Data set
機能強化：
- "ignored lines" タイプの複数の列を設定できるようになりました。
- PKanalix および Monolix で、データセットのフィンガープリントが実行時に保存されるようになりました。データセットファイルの内容が変更された場合、結果はリロードされません。
バグフィックス：
- グループ化されていない場合 (つまり、occ = 1 の行がデータセット内で隣り合っていない場合)、データの解釈が正しくありませんでした。同時に dose line と observation line があり、その後に別の dose line が続く場合にバグが発生し、dose line と observation line が同時に行われる場合は、dose line が最初になります。
- occasion の場合に、列を "ignored observation" として設定すると、1 つの subject-occasion のすべてのデータポイントが無視されたときに、Monolix がフリーズしていました。
- amount 列の値 "NA" は "." として処理されるようになりました。以前は、同じ行の Observation 列の値を無視していました。
- フィルタリングされたデータセットの補集合は、実際には親データセットの補集合でした。
Mlxtran
機能強化：
- 新しい親代謝物ライブラリがあります。モデルが線形の場合、それは分析ソリューションを使用します。
- 連続した occasion の場合（ウォッシュアウトによって分離されていない）の線形モデルは、分析ソリューションを使用して計算されるようになったため、高速になりました。 ウォッシュアウトで区切られた occasion を持つ線形モデルは、以前のバージョンではすでに分析ソリューションを使用していたことに注意してください。
- PK、PKPD および TMDD ライブラリに、1) ボーラスまたは注入の場合の遅延時間、2) ボーラスまたは注入 + 血管外、の場合のゼロ次吸収、のモデルが追加されました。
- データセット内の注入と一次吸収モデルを組み合わせることが可能になりました。
バグフィックス：
- モデルの符号が 2 回連続して変更された場合 (例：ddt_E =-(-kin + kp)– kg * E)、コンパイルは失敗していました。
- <MODEL> で始まるモデルファイルの読み込み時にエラーが発生していました。
PKanalix
機能強化：
- 新しい生物学的等価モジュールが追加されました。
- CA および NCA パラメーターの Summary テーブルの分割がより柔軟になりました。許容基準だけでなく、連続およびカテゴリの共変量によって分割およびフィルタリングすることが可能です。共変量グループはカスタマイズでき、テーブルに個別の列として表示されます。
- lambda-z 計算に含まれるポイントを含む新しい出力ファイルが追加されました。
- preferences でデフォルトの単位を定義することが可能となりました。
- NCA の lambda-z 回帰に対応する新しいプロットが追加されました。このプロットを使用して、サブプロットごとに 1 つの ID で observed data を表示することもできます。
- 箱ひげ図の上にポイントを重ねて、分布をよりよく感じることができるようになりました。
- IV ボーラスの場合、Tmax = 0 のポイントが、lambda-z の計算に含まれると見なされるようになりました。以前は常に除外されていました。
- lambda-z に含まれるポイントの決定が変更されました。Adjusted R2 につながるポイントのセットが見つかると、ポイント数が多いセットの Adjusted R2 値が、最大の Adjusted R2 とのみ比較されるようになりました。
- 注入 + 定常状態のプロジェクトが Demo と validationSuite に追加されました。
バグフィックス：
- NCA Summary テーブルでは、分割またはフィルター処理後に NTOT および NMISS が正しく計算されませんでした。
- IV ボーラスの場合、投与時に観察がなかった場合、最初の 2 つの観察を使用して C0 を逆外挿します。 2 つの観測値の 1 つが負の場合、PKanalix は最初の観測値を C0 と見なす代わりに、エラーを返していました。
- NCA パラメータの単位を投与量で割ったもの (例：AUCINF_D_obs) が間違っていました。
- Vss_obs および Vss_pred は、単回投与 (非定常状態) データの場合、Results テーブルに表示されませんでした。
- 複数の観測 ID の場合、Data タブの "obs id to use" を変更すると、観測名 ("y1" など) が適切に更新されませんでした。
Monolix
機能強化：
- [Algos] 相関パラメータの値を修正する可能性が追加されました。
- [Algos] 相関パラメータのより安定した推定 (相関パラメータは 1 または -1 になる傾向がなくなりました)。
- [Algos] オメガパラメータにベイジアンを優先させることが可能になりました。
- [Algos] Nelder-Mead アルゴリズムの使用 (たとえば、可変性のないパラメーターの場合) を分散できるようになりました (monolix MPI を使用する複数のマシンでの並列化)。
- [Initial estimate tab] "auto-init" ボタンは、カスタムを含むすべてのモデルで使用できるようになりました。
- [Initial estimate tab] 固定されているパラメータは、自動初期化手順によって変更されないことを示すためにオレンジ色で表示されるようになりました。
- [Settings] SAEM 設定において、ワンクリックですべての SAEM 反復をゼロに設定できるようになりました。
- [Results] 結果のタスク反復に関する要約情報が表示され、保存され、再ロードされるようになりました。
- [Proposal] 提案では、IOV レベルでの相関を提案するようになりました。
- [Plots/VPC] 一部のシミュレーションで NaN が発生した場合でも、TTE の VPC が作成されるようになりました。 NaN のパーセンテージが表示されます。
- [Plots/VPC] VPC シミュレーションのエクスポートが、エクスポートボタンに加えて設定として使用できるようになりました。これにより、実行のたびに、またコマンドラインから実行するときに VPC シミュレーションを自動的にエクスポートできます。
- [Plots/VPC] x 軸を「最後の投与後の時間」としてプロットする新しいオプションが追加されました。
- [Convergence assessment] 収束評価の設定が保存され、再ロードされるようになりました。
- [Convergence assessment] コンバージェンスアセスメントの実行は、通常の実行と同じようにリロードできるようになりました。
- [Convergence assessment] 結果フォルダー内のフォルダー構造がより明確になるように変更されました。
- [Model building] モデル構築の設定が保存され、再ロードされるようになりました。
- [Model building] 設定を初期値にリセットするボタンを追加しました。
- [Model building] covSamba-COSSAC メソッド（samba を1回繰り返した後、通常の cossac アルゴリズムを実行していた）が covSamba アルゴリズム（自動共変量モデル構築タブでは SAMBA と呼ばれる）に置き換えられ、共変量の提案が適用されるようになりました。それ以上の変更が提案されなくなるまで、モデルを数回作成します。 cossac および scm の場合と同じ、テストするパラメーターおよび共変量に関するオプションを使用できます。
- [Model building] COSSAC のフォワード LRT のデフォルトの p 値のしきい値が 0.01 に変更されました。 COSSAC の順方向と逆方向で異なる p 値を持つことはほとんど意味がありません。
- [Run] プロジェクトを実行すると既存の結果が上書きされる場合、警告ポップアップウィンドウが表示され、確認を求められるようになりました。
バグフィックス：
- [Data] データタブで共変量列を "IGNORE" に設定すると、"統計モデルとタスク" タブで無関係の変換されたカテゴリ共変量が削除されていました。
- [Initial estimates] "最後の推定を使用" を実行するとき、または値を入力するときに、GUI で負のベータが適切に更新されませんでした。それにもかかわらず、2020 バージョンでは、値は計算に適切に考慮され、保存されていることに注意してください。
- [Plots/Preferences] より少ない色のスキームに切り替えたときに、色が更新されませんでした。
- [Plots/Preferences] グループの強調表示が多共変量グループで機能していませんでした。
- [Plots/Stratify] グループ化された離散共変量で層化すると、アプリケーションがクラッシュしていました。
- [Plots/Indiv fits] 対数スケールは、すべてのページではなく、現在のページにのみ適用される場合があります。
- [Plots/Observed data] Stratify での個人選択で個人を選択した場合、平均バーとエラーバーが正しく表示されませんでした。
- [Plots/Scatter plot of the residuals] 打ち切られたデータポイントは、ポイントにカーソルを合わせるとツールチップに間違った時間が表示されていました。
- [Plots/BLQ predictive check] y 軸で、BLQ である観測値の割合が間違っていました。
- [Plots/KM plot] サブプロット内のすべての個人が打ち切られた場合、打ち切られたイベントは表示されませんでした。
- [Plots/VPC] カウントまたはカテゴリデータVPCの場合、yLabel はモデル変数名の代わりに "undefined" を使用して "P（undefined = 0）" でした。
- [Plots/Prediction distribution] ウォッシュアウトによって分離されない場合のクラッシュが修正されました。
- [Plots/All] 階層化パネルで、対応する共変量カテゴリが変更されると、フィルタリングの選択肢がリセットされるようになりました。
- [Results] SEとRSEを推定できなかった場合、母集団パラメータ推定テーブルにNaNではなく空のセルが表示されていました。プロジェクトをリロードした後、NaNが正しく表示されたことに注意してください。
- [Results] 共変量効果の推定値が負の共変量効果の RSE が、populationParameters.txt に誤った負の符号で表示されていました。 GUI と summary.txt ファイルの値が正しいことに注意してください。
- [Results] 推定値の相関行列の対角線上の値 "1" が、誤って赤で表示されることがありました。
- [Results] データセットに存在し観測値がない場合の重要度サンプリングによる尤度計算 (たとえば、PD データはあるが PK モデルのみが適合している PK がないプラセボ個人を含む PK/PD データセットの場合）が間違っておりました。
- [Results] 打ち切りデータの場合の VPC シミュレーションのエクスポートが打ち切りデータに対して適切に処理されませんでした。元のデータセットの値がシミュレートされた値ではなく LOQ を下回った場合、シミュレートされた値は打ち切りとして示されました。
- [Results] GUI または lixoftConnectors を介して実行した場合にまれな状況で表示される結果のわずかな違いが修正されました。
- [Results] 個々のパラメータテーブルの条件付き平均値は、非ガウス空間で平均を実行することによって計算されました (例：mean (V_i))。これは、プロットおよび predictions.txt ファイルの予測で使用されている値と一致していませんでした。これで、平均はガウス空間で実行されます（たとえば、対数正規パラメーターの場合はexp (mean (log (V_i)))。
- [Convergence assessment] 実行の 1 つでエラーが発生しても、収束評価は停止しなくなりました。
Sycomore
機能強化：
- Monolix の Sycomore へのロードがはるかに高速になりました。
- プロジェクトがまだ実行されていない場合は、初期パラメータ値が比較表に表示されるようになりました。これらは現在、初期値であり、最終的な見積もりではないことを示すためにグレイになっています。
バグフィックス：
- 比較表では、デフォルト以外のタスク設定に対応するラベルが不明確でした。
Simulx
機能強化：
- [Import] Monolix プロジェクトをインポートすると、新しい母集団パラメータ要素が自動的に作成されるようになりました。複数の反復をシミュレートする場合、推定値の分散共分散行列（線形化または確率的近似を介して Monolix で計算）によって定義された不確実性分布から母集団パラメーターをサンプリングできます。
- [Import] Monolix プロジェクトをインポートするときに、Monolix データセットのすべての共変量値が正の場合、作成された要素 mlx_CovDist は対数正規分布を使用するようになりました。
- [Export] シミュレートされたデータを MonolixSuite 形式のデータセットとしてエクスポートできるようになりました。これは、Monolix または PKanalix に簡単にロードできます。
- [Exploration] タブのシミュレーションの上に、外部の MonolixSuite 形式のデータセットのデータをオーバーレイできるようになりました。
- [Exploration] ユーザーはサブプロットごとに独立して y線形または対数スケールを設定できるようになりました。
- [Exploration] サブプロットごとにカスタム軸制限が追加されました。
- [Exploration] "ピッチホイール" スライダーを使用して、個々のパラメーターの値を変更できるようになりました。
- [Outcomes] 結果を定義するためのオプション "出力の最初と最後の値" が追加されました。
- [Run] メモリ使用量が減少しました。
- [Run] レプリケートを実行する場合、進行バーはシミュレーションの進行を示すようになりました。
- [Plots] レプリケートの場合、個別の出力プロットで、表示するレプリケートの選択がすべてのタイプのデータ (連続、カウント/カテゴリ、およびTTE) で可能になりました。
- [Definition] 非準拠オプションのある治療要素の場合、"表示" をクリックすると非準拠情報が表示されるようになりました。
バグフィックス：
- カテゴリが 0 から始まらないカテゴリ出力の場合、シミュレートされた値はシフトされ、ゼロから始まります。
- TTE 結果のウィルコクソン順位検定の p 値の計算が間違っていました。
- カウント、カテゴリ、またはTTEオブザベーションを含む Monolix プロジェクトをインポートした後、これらのオブザベーションに対応する出力要素は、シミュレーションでデフォルトで選択されませんでした。したがって、R で RsSimulx を使用して simulx（project =…）を実行すると、これらの出力が失われました。
- エクスポートされたファイル regressors.txt は不完全でした。これは、RsSimulx で simulx（）を実行するときのリグレッサ出力にも影響しました。
- 多くの桁で負の値を入力すると、表示、保存、およびシミュレーションに使用される値の両方で切り捨てられました。
- シミュレーションで使用されるカテゴリの数が変更され、プロジェクトが再実行されたときに、Stratify に表示される共変量カテゴリが適切に更新されませんでした。
- 一部の出力ファイルでオケージョンヘッダーが欠落していたため、列の内容とヘッダーが一致していませんでした。
- 場合によっては、共変量の時折の定義では、カテゴリ共変量カテゴリの選択の変更が適切に考慮されないことがありました。
- モデルでは、"distribution = geometric" で定義された確率変数が NaN を返していました。
- シミュレーショングループ間で出力要素が異なる場合に表示されるクラッシュが修正されました。
- Monolixプロジェクトをインポートした後、"保存/名前を付けて保存" を実行する前に "追加の行" がモデルに追加された場合、"保存" 時にモデルファイルへのパスが正しくありませんでした（まだ「temp」を指している）結果フォルダ）。
- [Exploration]タブで、複数の個人で indiv param 要素を使用する場合、ID が文字列（整数ではない）の場合、個々の選択スライダーに正しく表示されませんでした。
- "Monolixからのインポート" を使用して作成された Simulx プロジェクトをリロードした後、"名前を付けて保存" を実行すると、モデルファイルが新しい結果フォルダーに正しくコピーされませんでした。
Lixoft Connectors
機能強化：
- すべての Monolix および PKanalix プロットの ggplot オブジェクトとしてプロットを取得する関数があります。
- コンソール出力のレベルを設定するための新しい関数 getConsoleMode / setConsoleMode があります。 これにより、コンソールで実行の進行を追跡できます。
- 層化共変量と変換された共変量値が getCovariateInformation（）の結果に追加されました。
- ユニット情報が NCA の結果に追加されました。
- getSimulationResults（）によって返される情報が大きすぎる場合、警告メッセージがそれを示します。
バグフィックス：
- 離散データの場合の newProject（）によるプロジェクトの作成、およびモデル出力と観測 ID 間のマッピングでエラーが返されていました。
MlxEditor
機能強化：
- MlxEditor アプリケーションは完全に再実装されました。
- 構文チェックでエラーが検出された場合の行を明確に表示するようになりました。
- オートコンプリートが利用可能になりました。
- 複数のファイルを MlxEditor セッションに保存することが可能になりました。