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FAQ (Simulx)

General

  • Nonmem モデルを Simulx モデルに自動的に変換することは可能ですか。
    いいえ。ただし、変換は比較的簡単です。構造モデルの場合、Nonmem ADVAN ルーチン 1-3 を pkmodel マクロに置き換えることができ、ODE の構文は簡単に適応できます。パラメータ分布と共変量効果は、[INDIVIDUAL] セクションで定義されています。ケーススタディ (ビデオとスライド) も確認できます。"Setting up a simulation from scratch" では、Nonmem から Simulx への移行の例を示しています。
  • Simulx プロジェクトを共有するにはどうすれば良いですか。
    Simulx プロジェクトは、.smlx ファイル、場合によっては要素 (モデルファイル、共変量テーブルなど) の定義に使用した外部ファイルと結果フォルダーで構成されます。これらはすべて共有する必要があり、それらの間の相対的なパスを維持します。Simulx プロジェクトの設定 ("Settings" > "Project settings" > "Save the user files in the results folder" で、外部ファイル (モデルおよびその他の入力ファイル) を結果フォルダーに保存するように要求できます。このように、.smlx ファイルと結果フォルダーを共有するだけで済みます。
  • Simulx の計算は速いですか。
    Simulx は、C++ エンジン (Monolix と同じ) を使用して計算を実行するため、非常に高速です。
  • シミュレーションをスクリプト化することは可能ですか。
    はい。GUI で実行されるすべてのアクションは、R 関数を介して実行することもできます。こちら をご覧ください。

Model

  • すべてのパラメーター (つまり、完全なオメガ行列) 間の相関関係を定義する必要がありますか。
    いいえ。オメガ行列はブロック対角線のみである必要があります。相関の定義についてはこちら をご覧ください。

Definition tab

  • 母集団パラメーターの不確実性を含めることは可能ですか。
    はい。ブートストラップを介して母集団パラメーターのセットを取得した場合は、複数の行を含む外部ファイルを介して母集団パラメーター要素を定義できます。各行は、異なる母集団パラメーターのセットに対応します。"distribution" タイプを使用して母集団パラメーターを定義することもできます。これにより、不確実性分布から母集団分布をサンプリングできます。たとえば、正規分布を選択し、"sd" カラムに推定標準誤差を取得することができます。ただし、これには推定値間の相関関係は含まれていません。それらを含めるには、Simulx の外部の不確実性分布から母集団パラメーターをサンプリングし、外部ファイルとして提供する必要があります。これを支援する R パッケージ Rssimulx をまもなく提供します。replicate ごとに異なる母集団パラメーターが使用されることに注意してください。
  • 切断正規分布から共変量をサンプリングすることは可能ですか。
    いいえ。今のところ、境界が必要な場合はロジット分布を使用するか、他の場所で共変量をサンプリングして外部ファイルを提供できます。
  • 共変量 (WT や BSA など) に応じて投与をを柔軟に定義することができますか。
    はい。これは、モデルに共変量が表示されている場合に可能です。 treatment definition で "scale amount by a covariate" を選択します。

Simulation tab

  • ドロップアウトを考慮したトライアルシミュレーションを実行することはできますか。
    PD を使用したジョイントモデルと、ドロップアウトを表すイベントまでの時間モデルを定義できます。Simulx はドロップアウトの時間をシミュレートしますが、ドロップアウト後に発生する観測値は削除しません。これにより、Simulx の外部で結果を後処理する必要が出てくるでしょう。
  • Cmax の時間を計算できますか。
    これは、結果の定義で行うことができます。濃度に対応する出力を選択し、次に "max per id" と "time of max" を選択します。

Results and Outputs

  • シミュレートされた値を取得するにはどうすれば良いですか。
    母集団パラメーター、個々のパラメーター、投与量、共変量、およびレグレッサーは、結果フォルダーのシミュレーションフォルダーに .txt ファイルとして保存されます。デフォルトでは、シミュレートされた値はサイズが非常に大きくなる可能性があるため、エクスポートされません。 ただし、"Settings" > "Preferences" > "Export simulation files" でこのオプションを選択することは可能です。結果とエンドポイントは、結果のエンドポイントフォルダーに保存されます。また、こちら で示すように、lixoftConnectorsR パッケージを使用して結果を取得することもできます。
  • Simulx の結果を R で後処理するための最良の方法は何ですか。
    R パッケージ lixoftConnectors を使用して、インタラクティブに Simulx を実行することができます。特に、関数 getSimulationResults() を使用すると、すべての結果を取得できます。これらの結果は、通常の R コードを使用して後処理することができます。

Plots

  • 90 % の予測区間を表示することは可能ですか。
    はい。デフォルトでは、"Output distribution" プロットにおいて様々な青の色合いによりパーセンタイルを表しています。右側のパネルの "Display" 設定で band = 2 および level = 90 を選択すると、90 % の予測区間が表示されます。
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