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FAQ (Monolix)

Resolution and display

  • リモートアクセスに対するOpenGLテクノロジーの影響:
    Monolix と Datxplore インターフェースは OpenGL テクノロジーを使用しています。残念ながら、直接レンダリングを使用したリモートアクセスは OpenGL と互換性がありません。これは、OpenGL アプリケーションがターゲットの X サーバーをバイパスしてローカルハードウェアに直接命令を送信するためです。結果として、Monolix は X11 転送では使用できません。代わりに、リモートアプリケーションが命令を X サーバーに送信し、X サーバーが命令をグラフィックカードに転送する間接レンダリングを使用する必要があります。ssh アプリケーションでそれを行うことは可能ですが、マシンとオペレーティングシステムに応じて専用の構成が必要です。VNC や Remina などの他のアプリケーションも間接レンダリングに使用できます。
  • グラフィカルユーザーインターフェイスが高すぎるまたは低すぎる解像度で表示される場合の対応方法:
    次の手順を実行します。
    1. Datxplore を開いて閉じます。
    2. Monolix を開きます。
    3. デモからプロジェクトをロードします。
    4. メニューで、"Settings" > "Preferences" に移動し、"Options" にある "High dpi scaling" を無効にします。
    5. Monolix を閉じます。
    6. Monolix を再度起動します。

Regulatory

  • Monolix を使用したデータを規制当局へ提出するためには何が必要ですか。
    Monolix は、母集団 PK および PK/PD 解析を規制当局 (FDA および EMA を含む) へ提出するために使用することができます。提出に必要な要素の要約は こちら をご覧ください。
  • Monolix を引用するためには、どうすれば良いですか。
    以下のように、バージョン名と年を付けて参照してください。
    Monolix version [VersionName]. Antony, France: Lixoft SAS, [Year].
    http://lixoft.com/products/monolix/

    例)
    Monolix version 2020R1. Antony, France: Lixoft SAS, 2020.
    http://lixoft.com/products/monolix/

Running Monolix

  • Monolix はどのオペレーティングシステムで実行可能ですか。
    Monolix は、Windows、Linux、および MacOS プラットフォームで動作します。
  • コマンドラインで Monolix を実行することは可能ですか。
    はい。こちら をご覧ください。さらに、こちら に示すように、Monolix プロジェクトの実行と変更を可能にする R-api があります。
  • プロジェクトを読み込もうとすると、"Error during module building:Calling the build setup failed and returned" というメッセージが表示されます。どうしてですか。
    このメッセージは、モデルのコンパイルが失敗したことを意味します。Mac OS では、ダウンロードページで指定されているように、XCode が少なくとも1回インストールされ、起動されていることを確認してください。

    Windows では、Windows セッションのユーザー名の特殊文字 (ドットとスペースを含む) が最も一般的な原因として挙げられます。コンパイルされたモデルが保存されているパスを変更して、ユーザー名を使用しないようにするには、次の手順に従ってください。

    1. インストールフォルダー (通常は C:\ProgramData\Lixoft\MonolixSuite2021R1) に移動します。ProgramData は通常隠しフォルダーですが、Windows エクスプローラーの上部にあるパスバーにパスをコピーして貼り付けることもできます。
    2. インストールフォルダーに移動したら、config フォルダーに移動し、ワードパッドや Notepad などのテキストエディタで system.ini ファイルを開きます。
    3. [path] セクションを次のように変更します。
      [path]
      enforced-modules-directory = C:/Temp/lixoftmodules
    4. Monolix を閉じてから再度開きます。

Initialization

  • パラメータをどのように初期化すれば良いですか。
    パラメータを初期化し、視覚化する方法はいくつかあります。こちら を参照してください。

Results

  • 結果フォルダーを自分で定義できますか。
    デフォルトでは、結果フォルダーはプロジェクト名に対応します。ただし、自分で定義することができます。ユーザーインターフェイスで定義する方法については、こちら をご覧ください。
  • Monolix によってどのような結果ファイルが生成されますか。
    Monolix は、ユーザーが実行するタスクに応じて、さまざまな出力ファイルを生成します。詳細については、こちら をご覧ください。
  • 別のプロットソフトウェアを使用して再プロットすることができますか。
    はい。"Export" メニューに移動して "Export charts data" をクリックすると、プロットの再現に必要なすべてのデータがテキストファイルに保存されます。プロットとともに生成されたすべてのファイルの説明については、こちら を参照してください。
  • プロジェクトを開くと、結果が読み込まれません ("Results have not been loaded due to an old inconsistent project" というメッセージが表示されます)。どうしてですか。
    プロジェクトをロードするとき、Monolix は、ロードされているプロジェクト (つまり、.mlxtran ファイルに保存されているすべての情報) と結果の生成に使用されたプロジェクトが同じであることを確認します。そうでない場合は、エラーメッセージが表示されます。たとえば、プロジェクトを実行してから "use last estimates" を実行し、プロジェクトを保存して再読み込みしようとすると、保存されたプロジェクトには、実行と結果の生成に使用された初期値とは異なる初期値として "last estimates" が含まれます。その場合、結果はロードされたプロジェクトと矛盾しているため、ロードされません。これは、このビデオ のいくつかの例でも説明されています。
    ロードする .mlxtran ファイルの内容と、結果フォルダーの非表示の .Internals フォルダーにある .mlxtran ファイルを比較することで、結果のロードを妨げている原因を確認できます。.Internals フォルダーを表示するには、マシンで隠しファイル/フォルダーを表示する必要があります。

Tasks

  • 打ち切られたデータはどのように処理されますか。
    こちら をご覧ください。
  • 変動のないパラメーターはどのように処理されますか。
    こちら で、変動のないパラメーターのさまざまな方法について説明しています。
  • SAEM 中に表示される convergence indicator とは何ですか。
    その意味と機能については、こちら をご覧ください。
  • 重要度サンプリングを使用して log-likelihood を推定する場合、log-likelihood が安定しないようです。何かできることはありますか。
    重要度サンプリングによって得られた log-likelihood 推定量は、構造によってバイアスがかけられます (詳細については、こちら を参照してください)。バイアスを減らすには、条件付き分布をできるだけ良く知る必要があります。このために、log-likelihood を推定する前に "conditional distribution" タスクを実行します。

Model definition

  • 時変共変量を使用することは可能ですか。
    はい。ただし、共変量の関係は、GUI ではなくモデルで定義する必要があります。その方法については、こちら をご覧ください。
  • たとえば、ミカエリスメンテンのような複雑な共変量パラメーターの関係を定義することは可能ですか。
    はい。これはモデルファイルで直接行うことができます。こちら をご覧ください。
  • パラメーターの標準偏差に対するカテゴリ共変量効果を定義することは可能ですか。
    はい。これはモデルファイルで直接行うことができます。こちら をご覧ください。
  • 構造モデルの混合を定義することは可能ですか。
    はい。状況によっては、被験者間モデル混合 (BSMM) または被験者内モデル混合 (WSMM) を使用して、構造モデル自体に多様性を導入する必要がある場合があります。構造モデルの混合の処理については、こちら をご覧ください。BSMM の場合、グループ間の比率 p は、推定するモデルの母集団パラメーターであることに注意してください。p には患者間の変動はありません。すべての被験者の確率は同じであり、p のロジット正規分布を使用して、変動のない 0 から 1 の間に制限する必要があります。
  • 分布の混合を定義することは可能ですか。
    はい。分布の混合の処理については、こちら をご覧ください。
  • たとえば a と b の間で、母集団パラメーターに境界を設定することはできますか。
    推定された母集団パラメーターの範囲を設定することはできません。ただし、制限されたパラメーター分布を定義することは可能であり、その結果、推定された固定効果パラメーターも制限されます。それを行う方法については、こちら を参照してください。
  • 母集団パラメーターに分布を設定できますか。
    インターフェイスを使用すると、normal、lognormal、logitnormal、および probitnormal のみを配置できます。ただし、構造モデルの一部である EQUATION: でパラメータの変換を設定し、それに変換を適用することができます。それを行う方法については、こちら を参照してください。
  • エラーモデルをカスタム設定できますか。
    いいえ、できません。ただし、エラーモデルをリストから選択できるようにデータを変換できる場合があります。モデルベースのメタ分析プロジェクトの例については、こちら をご覧ください。
  • 推定されたパラメータの単位は何ですか。スケールファクターを定義できますか。
    推定されたパラメーターの単位は、データセットの単位に依存しており、それは暗黙的です。スケールファクターを含める方法については、こちら をご覧ください。

Tricks

  • Monolix プロジェクトで Mlxtran を使用して AUC、time interval AUC などを計算するためには、どうすれば良いですか。
    こちら をご覧ください。
  • 変動係数を計算するためにはどうすれば良いですか。
    変動係数は Monolix によって出力されませんが、手動で簡単に計算できます。変動係数は、標準偏差を平均で割った比率として定義されます。対数正規分布のパラメーターについて報告されることが多いです。こちらのビデオ をご覧ください。

Export

  • Datxplore、Mlxpore、Simulx にどのようにエクスポートするのですか
    こちら をご覧ください。
  • チャート設定をデフォルトとしてエクスポートしましたが、すべてのプロットに関するデフォルトの Monolix 設定に戻すためにはどうすれば良いですか。
    [home]/lixoft/monolix/monolix2021R1/config/settings.default ファイルを削除します。Windows では、[home] フォルダーへのパスは C:\Users\[username] です。
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