GastroPlus^® における最も重要な用途のひとつは、吸収、薬物動態、薬力学モデルを実測値にフィッティングさせたモデル式を構築（モデリング）し、当該モデル式を用いて高精度なシミュレーションを行い、対象化合物がどのような条件下でどのような挙動を示すのかを予測する、”モデリング & シミュレーション”にあります。

複数のパラメータが複雑に影響する生体系では、1種類のパラメータでフィッティングができても、異なる条件下ではフィットしないケースがほとんどです。本モジュールは複数のパラメータフィッティングを同時に行うことができ、より予測精度の高いモデル構築が可能です。

直感的な GUI により、メニューからパラメータを選択するだけで最適化が可能です。

GastroPlus^® のほぼ全てのパラメータを対象とした最適化が可能で、目的関数は合計 8 種類から選択できます。また、Fa, C_max など、結果の適合性を重視したい項目を絞り、目的関数の重み付けを行うことができます。単一化合物のみならず、複数の化合物について最適化が可能です。