GastroPlus^® 本体では、クリアランスとして、初回通過効果（FPE%）のみを考慮した吸収シミュレーションとなります。この場合、FPE% は一定のままですが、生体内では、投与量や投与速度の違いにより変化します。FPE% 一定でも良い結果を示す化合物もありますが、飽和の過程を考慮することにより精度が向上します。
このモジュールにより、肝臓と小腸での飽和代謝や influx と efflux による飽和担体輸送を反映させることができます。さらに、PBPK モジュールを組み合わせることで、薬物の各組織での吸収分布に飽和代謝や担体輸送を加えた、より生体に近い吸収シミュレーションが可能となります。

小腸、肝臓、PBPK 組織における代謝や担体輸送（influx や efflux）のミカエリス-メンテン速度を計算します。代表的な CYP、UGT、トランスポーターの、消化管各部位での発現分布量は、デフォルトで設定されています。in vitro 実験での K_m、V_max を in vivo の値に変換するツールも搭載されています。また、代謝物の生成を経時的に追うことができます。（代謝物トラッキング）