ADMET 物性予測・メディシナルケミストリーソフトウエア

すべての化合物に、あるいは選択された化合物のみに対する操作

デフォルトでは、ユーザーは、すべての化合物に対して操作を行うのか、選択した化合物のみに対して操作を行うのかを頻繁に問われることになります。このプロンプトは、メニューの File >> Preferences のGeneral タブにある Apply operations to: 設定を変更することで無効にすることができます。変更されると、現在選択されていない化合物すべてに操作を適用し、そうでない場合は選択した化合物に操作を適用します。

属性リストの順序

いくつかのダイアログには、ユーザーが1つ以上の項目を選択する必要のある化合物属性のリストが表示されます。デフォルトでは、これらのリストはアルファベット順にソートされています。リストの下にあるソートボタンをクリックすると、スプレッドシートのカラムの順序と同じ順になります。

"スプレッドシートの順序付け"をすべてのダイアログのデフォルト設定にするには、以下の手順を実行します。

1.メニューから File >> Preferences を選択します。

2. Format タブを有効にします。

3."Use alphabetical sorting..."と書かれたボックスのチェックを外します。

MedChem モジュール

オプションのMedChemモジュールでは、類似性検索、クラスタリング、Rグループ分解、一致分子ペア解析、de novo デザインなど、多数の高度なけむインフォマティクス機能を利用することができます。

ソフトウエアライセンスを持っていれば、メニューの View >> MedChem Features を使用してMedChem機能を有効にすることができます。これらの機能を有効にすると、メインウィンドウの下部に、Classes、R Table、Pairs のタブが追加されます。

詳細はユーザーマニュアルに説明されていますが、これらのタブは、特定の操作を実行したり、結果を視覚化するためには、アクティブなっていなければなりません。たとえば、化合物をクラスター化するには、通常、Classes タブをアクティブにしてから、Classes メニューの項目の1つを使用します。

MedChemの機能の詳細については、ユーザーマニュアルを参照してください。

属性の削除

スプレッドシートから化合物属性を永久に削除するには、次の手順を実行します。

1.メニューから Data >> Modify Compound Attributes を選択します。

2.削除する属性を選択します。

3. Delete Selectedボタンをクリックします。

4. OKをクリックします。

スプレッドシートに表示されている1つの属性を削除するには、最も簡単な方法はカラムヘッダーを右クリックし、Delete Attribute を選択することです。

属性カラムを削除するには属性自体を削除するには、カラムヘッダーを右クリックし、Undisplay Column を選択します。

化合物スコアを追加する

数値スコアを化合物に割り当てる1つの方法は、ユーザーが指定したサブストラクチャまたはプロパティ違反を持つ化合物にフラグを立てるなど、新しいQuery属性を追加することです。クエリ属性を追加するには：

1. メニューから Data >> Add Compound Attributes を選択します。

2. Queryオプションを選択し、OKをクリックします。

3. Load From Fileをクリックし、目的のクエリファイルを選択します。

4. OKをクリックします。2つの新しいスプレッドシートのカラムが追加されます：1つはスコアを含み、もう1つは関連違反のリストを含みます

サブストラクチャとプロパティの両方のクエリを使用する例については、インストールフォルダのScoreQuery.cqf ファイルを参照してください。

ファイル形式の詳細については、ユーザーマニュアルを参照してください。

フラグメントを削除する

デフォルトでは、ADMET Predictor はフラグメントを削除して、各スプレッドシートの行に1つの接続されたコンポーネントのみが含まれるようにします。この除去は2段階で起こる。まず、ユーザー定義ファイル（InertFragments.smi）にあるフラグメントが削除されます。第2に、複数のフラグメントが残っている場合、最大のもの（原子カウントによる）以外のすべてが除去されます。

フラグメント除去のルールを変更するには、次の手順を実行します。

1.メニューから File >> Preferences を選択します。

2.フラグメント削除のセクションで目的のオプションを選択します。

フラグメントはいつでも変換を実行して削除できます。

1.メニューから Chemistry >> Generalized Transform を選択します。

2. Choose From List ボタンをクリックします。

3.必要なフラグメント削除オプションを選択します。

ADMET スタープロット

ADMETプロパティが生成されると、アプリケーションは自動的に多数のスタープロットカラムをスプレッドシートに追加します。スタープロットは、ある化合物についての、2つ以上の属性値の図式的表現です。スタープロットの自動作成を無効にするには、次の手順を実行します。

1.メニューから File >> Preferences を選択します。

2.Display タブを有効にします。

3."Create star plots automatically..."のチェックを外します。

自動スタープロットの内容を変更するには、AutoStarPlots.txt というファイルを変更します。

カラム表示用のボタン

スプレッドシートの下にあるボタンを使用して、特定の化合物属性のカラムだけを表示することができます。目的の属性リストを表す新しいボタンを作成するには、次の手順を実行します。

1.スプレッドシートの下のCustomize ボタンをクリックします。

2. Add Button ボタンをクリックし、新しいボタンに名前を割り当てます

3."Available Attributes"リストから目的の属性を選択します。

4. Addをクリックし、OKをクリックします。新しいボタンが利用可能になるはずです.

3D スキャッタープロット

3D スキャッタープロットを追加するには、次の手順を実行します。

1.メニューから Data >> Add New Chart を選択します。

2.リストから 3D Scatter を選択し、OK をクリックします。

3Dスキャッタープロットのもう1つの方法は、独立した Miner3D グラフィックスウィンドウを起動することです。このウィンドウは、画像のレイアウトや色などを柔軟に制御できます。このウィンドウは、メニューから Tools >> Miner3D を使用して起動できます。

アプリケーションが起動するたびに3D スキャッタープロットを表示するには、次の手順を実行します。

1. メニューから File >> Preferences を選択します。

2. Display タブを有効にします。

3. 下方にある 3D Scatter のボックスにチェックを入れ、OK を押します。

計算式

既存の属性に基づいて計算式を定義することにより、新しい化合物属性を生成することができます。この操作は、次の手順を実行します。

1. メニューから Data >> Add Compound Attributes を選択します。

2. Equation オプションを選択し、OK をクリックします。

3. カスタムダイアログを使用して計算式を作成します。たとえば、既存の2つの化合物属性の比率を作成するには、最初の項目をダブルクリックし、devide ボタンをクリックしてから、2番目の項目をダブルクリックします。

4. 新しい属性の名前を入力します。

5. OK をクリックします。新しい属性が自動的にスプレッドシートに追加されます

式の属性値は、基になる属性値が変更されたときに自動的に更新されることに注意してください。

計算式を削除するには、スプレッドシートのカラムを右クリックし、Modefy Attribute を選択します。次に、Clear Selected Equation ボタンをクリックして、OK をクリックします。

属性名の変更

単一の化合物属性の名前を変更するには、次の手順を実行します。

1.メニューから Data >> Modify Compound Attributes を選択します。

2.名前を変更する属性を選択します。

3. Edit Selected ボタンをクリックします。

4.新しい名前を指定し、OK をクリックします。

関連するカラムヘッダーを右クリックして Modify Attribute を選択すると、手順1と2をより素早く実行できます。

いくつかの属性を同時にコピーすることもできます。これは、pHなどの新しい設定で再生する前にADMETプロパティを保存するのに便利です。属性のコピーを作成するには、次の手順を実行します。

1.メニューから Data >> Copy Compound Attributes を選択します。

2.コピーする属性を選択します。

3.目的の接頭辞または接尾辞を指定します。デフォルトでは "S+logP"のような名前が "*S+logP"にコピーされます。

4. OK をクリックします。

代謝物の予測

予測代謝物を生成するには2つの方法がある。

ひとつめの方法は、実装されている MedChem Designer のスケッチングツール内に代謝物マップを表示する方法で：

1. 目的の化合物を選択します。

2. メニューから Tools >> MedChem Designer を選択します。

3. 別ウィンドウで MedChem Designer が起動します。

3. MedChem Designer のウィンドウで、 MET ツールバーボタンをクリック、または、メニューバーの ADMET >> Generate Metabolites を選択して代謝物を予測します。

2つめは、新しいADMET Predictor ウィンドウに代謝物を表示します。

1.興味のある化合物を選択します。

2.メニューから Data >> Predict Metabolites を選択します。

3.必要なオプションを指定し、OKをクリックします。

ヒートマップ

スプレッドシートのセルを属性値で色付けするには、次の手順を実行します。

1. メニューから View >> Spreadsheet Heat Map を選択します。

2. 色付けをするカラム属性にチェックを入れて選択します。

3. OK をクリックします。

デフォルトでは、高い属性値は緑色に、低い値は赤色に色分けされています。ひとつの属性について、この規則を逆にする（高い値側が赤、低い値側が緑）には、次の手順を実行します。

1. 目的のカラムヘッダーを右クリックします。

2. メニューから Set Direction >> Descending を選択します。

グラフのドッキング

タイトルバーをクリックしてドラッグすると、チャートをメインアプリケーションウィンドウからドッキング解除（デタッチ）できます。これにより、チャートを拡張デスクトップなどの新しい場所に表示することができます。複数のチャートが一緒にタブ付けされている場合は、チャートの下部にあるタブラベルをクリックしてドラッグすることで、個々のチャートをドッキング解除できます。

すべてのチャートを再表示する最も簡単な方法は、メインウィンドウで View >>Dock Chart In Main Window を使用することです。これは、1つまたは複数のグラフが欠落しているように見える場合に特に便利です。これは、以前に使用された外部モニタが使用できなくなった場合に発生する可能性があります。

チャートドッキングの詳細については、ユーザーマニュアルを参照してください。

MedChem Designerの起動

MedChem Designerスケッチツールを起動する方法は4つあります。

1.メニューから Tools> MedChem Designer を選択します。

2. MedChem Designer のツールバーボタンをクリックします。

3.化合物を右クリックし、 Display In MedChem Designer を選択します。

4.化合物構造をダブルクリックします。

デフォルトの動作は、選択したすべての化合物をDesignerに転送することで、ユーザーは編集した構造をADMET Predictor スプレッドシートに戻すことができます。選択した化合物をDesignerに転送しない場合は、上記のいずれかの操作を実行している間にCONTROLキーを押し続けます。

変更された構造をMedChem DesignerからADMET Predictor に転送するには、Transfer ツールバーのボタンの1つ（左向きの矢印）をクリックします。

チャート変数の変更

グラフに表示される変数を変更するには、次の2つの方法があります。

1.グラフ上の Chart Properties ツールバーボタンをクリックして、オプションダイアログを起動します

2.変数ナビゲーションのチャートツールバーボタンのいずれかをクリックします

デフォルトでは、2番目のメソッドのナビゲーションボタンがX変数を制御します。CONTROL キーを押してYを変更し、SHIFT キーを押してZを変更します。

変数ナビゲーションはアルファベット順であり、登録されたすべての複合属性をカバーします。 スプレッドシートに現在表示されている属性のみをナビゲートするには、 ALT キーを押しながら上記の2番目の方法を使用します。

Heteroatom フォントサイズ

ヘテロ原子のラベリングに使用されるフォントのサイズは、各スプレッドシート化合物ごとに異なることがあります。これは、各化合物構造がスプレッドシートのセル内に収まるようにサイズを決めなければならず、結果として可変の結合長が生じるためです。2つのヘテロ原子間の結合がはっきりと見えるように、フォントサイズを意図的に小さくしています。フォントサイズを大きくする場合は、次の手順を実行します。

1.メニューから File >> Preferences を選択します。

2. Display タブを有効にします。

3. 右上側にある Heteroatom font size で目的のオプション（+1 または +2）を選びます。

ヘテロ原子のカラーリング

ADMET Predictor と MedChem Designer では、 ヘテロ原子のカラーリングがサポートされており、慣習的に酸素が赤、窒素は青、などが用いられています。ADMET Predictor でこの機能を利用可能にするには、メインの Settings ダイアログ ( File >> Preferences )にある Display タブを選び、 Color heteroatoms とラベルされたボックスにチェックを入れます。Designer の場合は、 Settings ダイアログ ( Edit >> Change Settings )で Format タブを選び、 Color heteroatoms とラベルされたボックスをチェックを入れます。

属性のクイック選択

いくつかのダイアログでは、ユーザーによる1つ以上の項目選択が必要となる化合物属性のリストが表示されます。これらのリストの多くには、複数の選択をより簡単に行うことができる小さな Quick Select ボタンがあります。

Quick Select ボタンは、属性がツリー構造で一覧表示される新しいダイアログを表示します。ADMETモデルを表す属性は、Metabolism および Toxicity などのカテゴリにグループ化され、ディスクリプターは、Charge_Based および Hydrogen_Bonding などのカテゴリにグループ化されます。ツリーの1つのブランチをクリックすると、属性のグループ全体を選択、または選択解除できます。

行順序の復元

Data >> Restore Original Row Order メニュー項目は、入力ファイルが最初に開かれた時と同じようにスプレッドシート行の順序を変えます。

ドラッグアンドドロップ

スプレッドシートの行とカラムは、それぞれのヘッダーセルをクリックしてドラッグすることで、新しい場所に移動できます。行ヘッダーセルは左端の灰色のセルで、カラムヘッダーセルは上部の灰色のセルです。

スプレッドシートの行とカラムを移動する追加の方法については、ユーザーマニュアルを参照してください。

チャートデータ転送

スプレッドシートで選択された化合物は、2Dまたは3Dのスキャッタープロット内で選択することができます。この操作を実行するには、チャートツールバーのボタンを右向き矢印でクリックします。

逆に、2Dまたは3Dの散布図で選択された化合物をスプレッドシート内で選択することができます。この操作を実行するには、チャートツールバーのボタンを左向き矢印でクリックします。

ヒストグラム2色モード

ヒストグラムチャートには、two-color mode を有効にするためのツールバーボタンがあります。このモードでは、2つの別個のヒストグラムがあり、1つは未選択のスプレッドシート化合物を表し、1つは選択された化合物を表す。これは、2つの異なる化合物セットの分布を比較するのに有用です。

右矢印でチャートツールバーボタンをクリックすると、現在のスプレッドシートの選択に従ってヒストグラムが更新されます。

2色モードは棒グラフでも利用できます。

行の高さとカラムの幅

単一の行またはカラムのサイズを変更するには、行ヘッダーまたはカラムヘッダーの分割線をクリックしてドラッグします。ヘッダーは灰色のセルで示されています。

CONTROL キーを押しながら行操作を実行すると、すべての行に同じ高さが与えられます。

CONTROL キーはカラムの幅にも同様の効果がありますが、分割線の左側のカラムは変更されません。その違いは、行の高さが一般的に同じでもカラムの幅が異なるためです。たとえば、構造カラムと星図カラムは通常、属性カラムよりも幅が広いためです。したがって、特定のカラムブロックの幅を変更することができれば便利です。

属性値の変更

スプレッドシートのセルの値は、セルをダブルクリックして新しい値を入力することで変更できます。幾何学や3Dスコアなどの内部属性の一部の値を変更することはできません。

セルの値を変更する別の方法は、セルを右クリックしてEdit Cell を選択して行います。

化合物構造の強調表示

部分構造のクエリを実行した後、化合物を一致させると、関連する部分構造の強調表示が表示されます。このハイライトを削除するには、メニューから、 View >> Structure Highlighting >> Clear Query Highlighting を使用します。

構造のクリーンアップ

多くの場合、2D構造の描写の品質は、再描画機能を使用して改善することができます。この機能を使用するには、該当する化合物を選択して、メニュー View >> Modify Structures >> Redraw を使用します。

元の描写を元に戻すには、View >> Modify Structures >> Undo Redraw を使用します。

複数ソート

1つのカラムを使用してスプレッドシートを並べ替えるには、カラムヘッダーをクリックします。最初のクリックは昇順のソートを生成し、2番目のクリックは降順のソートを生成します。3回目のクリックで元の順序が復元されます。

2つのカラムを使用して2次ソートを実行するには、次の手順を実行します。

1.上記の方法を使用して、最初のカラムの昇順または降順のソートを実行します。

2. CONTROL キーを押しながら、2番目のカラムのヘッダーセルを1回または2回クリックします。これにより、最初のカラムで同じ値の行の順序が変更されます。

このプロシージャを使用すると、最大3つのカラムをソートできます。

選択した行だけを並べ替えるなどの追加の並べ替えオプションは、カラムを右クリックしてSort を選択すると利用できます。

チャートウィンドウ内のポイントを選択する

2Dチャートのポイントを選択するには、マウスの左ボタンを押しながらカーソルを移動するだけです。

3Dチャートのポイントを選択するには、CONTROL キーを押しながら同じ操作を行います。

ポイントが選択されると、Update Spreadsheet Using Chart とラベルされたチャートツールバーボタンをクリックすることで、対応するスプレッドシートの行を選択できます。

チャートの選択色を変更する

2Dおよび3D散布図の選択した点に使用される色を変更するには、次の手順を実行します。

1.メニューから File >> Preferences を選択します。

2.Dispaly タブを有効にします。

3. Highlight Color ボタンをクリックして、希望するカラーを選択します。

3Dチャートの軸ラベル

特定のグラフィックカードでは、3D散布図の軸ラベルが表示されないことがあります。この問題が発生した場合は、チャートレイアウトの定義に使用するテンプレートを変更することができます。この操作は、次の手順を実行します。

1.チャートの Load Template ツールバーボタンをクリックします。

2.ファイル White_Lattice.m3t（白い背景）または Black_Lattice.m3t（黒い背景）を選択します。

クラスのメンバーを表示する

Classesタブで1つまたは複数のクラスに含まれる化合物を表示するには、次の操作を行います。

1.興味のあるクラスを選択します。

2.メニューから Classes >> Display Selection in Compounds タブを選択するか、ツールバーの Compounds Tab ボタンをクリックします。

この操作では化合物タブが有効になり、選択したクラスに含まれていないすべての化合物が非表示になります。すべての化合物をもう一度表示するには、メニューで View >> Hide/Unhide" >> Unhide All を使用するか、ツールバーの All Compounds ボタンをクリックします。

テキストヒストグラム

ヒストグラムチャートには、テキスト値を含む属性を表示できます。ただし、最初の16個の属性値のみが表示されることに注意してください。さらに、長さが20文字を超える属性値は表示されません。

非表示のスプレッドシート行

ADMET Predictor の多くの機能は、表示されているスプレッドシートの行を操作し、非表示の行はスキップします。これらの特徴の例には、ADMET物性の生成、属性式の追加、および下部構造による検索なども含まれます。

隠れた行の数は、メインのADMET Predictor ウィンドウの右下に表示されます。

すべての行を再表示するには、メニューから View >> Hide/Unhide >> Unhide All を使用するか、ツールバーの All Compounds ボタンをクリックします。

メモリ使用量

64ビットバージョンのADMET Predictor は利用可能なすべてのコンピュータメモリを利用できますが、32ビットバージョンでは最大2ギガバイトを使用できます。これは、ADMET Modeler ですべてのADMETプロパティーとビルディング・モデルを計算するときに、およそ10,000の化合物を処理するのに十分でなければなりません。

いずれかの時点でADMET Predictor が利用可能なメモリの総量のかなりの部分を使用している場合は、メモリ使用量の警告がアプリケーションウィンドウの下部に表示されます。このような場合は、他の操作を実行する前にデータをすぐに保存する必要があります。また、Undo/Redo 機能は、それだけでかなりのメモリを消費する可能性があるため、取り消し可能な操作の数を減らすことをお勧めします。取り消し可能な操作の数を減らすには：

1. メニューから File >> Preferences を選択します。

2. Advanced タブを有効にします。

3. Maximum number of undoable operationsの設定を変更します。数字のゼロを入力するとメモリが最大限節約されますが、今後の操作を元に戻すことできなくなります。

データを読み込まない ADMET Modeler の起動

既存のプロジェクトファイルを開くためにADMET Modelerを起動したい場合は、CONTROLキーを押しながらModelerツールバーのボタンをクリックします。こうすると、スプレッドシートに化合物とデータを送ることなくModelerを起動することができます。

ADMET Modeler .dat ファイルのオープン

Modeler プロジェクトが保存されている場合は、ADMET Predictor から構造とデータを直接開くことができます。 File >> Open を使用してそのプロジェクトフォルダに移動し、拡張子 .dat のファイルを選択します。

ADMET Modeler .som ファイルのインポート

ADMET Predictorが、ADMET Modelerによるモデル構築のために用いる構造を表示している場合、トレーニングセットやテストセットに含まれていた化合物に関する情報をインポートすることができます。
File >> Import >> Compound Attributes メニューを用いて、Modeler プロジェクトフォルダから .som ファイルを選択します。

信頼性スコアを非表示にする

信頼性スコアがスプレッドシート内に表示しないようにするには、以下の操作を行います:

1. メニューから File >> Preferences を選択

2. Display タブを選択

3. Display confidence scores in the spreadsheet のボックスのチェックを外す

注意）この操作を行うと、SDF、Excel、その他のファイルへのエクスポートについても、信頼性の値が含まれないことになります。

クリップボードへのコピー

化合物はクリップボードに構造と画像としてコピーされ、ADMET Predictor、MedChem Designer、ChemDraw、Word、PowerPointなどのサードパーティ製ソフトウェアに貼り付けることができます。

MedChem Designerを使用して化合物をコピーする場合は、構造とともに最大3つのADMETプロパティを含めることができます。詳しくは、MedChem Designerのユーザーマニュアルを参照してください。