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ADMET 物性予測・メディシナルケミストリーソフトウエア

開発元:

ADMET Predictor® は、化合物構造から ADMET 物性を高速・高精度に予測します。第三者による数多くの論文で最も精度が高いとの評価を得ています。また、ユーザーデータに基づく独自の予測モデルを構築するモジュールも準備されており、in silico 初心者からエキスパートまで幅広くご利用いただけます。


  ADMET Predictor 製品資料
ADMET Predictor® 10.4 Linux リリースノート

ADMET Predictor® 10.4 Linux - New Feature etc, May 23, 2022

    更新・新機能については、以下にある、ADMET Predictor® 10.4 (Windows版)のリリースノート: ADMET Predictor® 10.4 - May 23, 2022 でご確認ください。

以上


ADMET Predictor ® 10.4 リリースノート

ADMET Predictor ® 10.4 - New Feature etc, May 23 2022

  1. 3D Conformer Generation
  2. 配座異性体を発生される機能が搭載され、ユーザーインターフェイスおよびコマンドラインのいずれからも利用することができるようになりました。単一コンフォマーおよび複数コンフォマー、MMFF力場に基づく最適化、ユーザー定義テンプレートを用いた束縛を与える座標発生などのオプションが準備されています。これにより、3次元の分子および原子ディスクリプターを用いて導かれた ADMET Predictor のプロパティ予測の利用が容易になりました。

  3. HTPK モジュール
  4. HTPK モジュールの施された改良点は以下のとおりです:

    • これまで Rat とHuman だけであった Species 計算オプションに Mouse が加わりました。計算では4つの Mouse 用モデル: マウス血漿タンパク質非結合率 (mou_fup%)、マウス血中血漿濃度比 (RBP_mou)、肝ミクロソームクリアランス (CYP_MLM_CLint) 、肝細胞クリアランス (HEP_mCLint) が使用されます。
    • 計算結果の値として、最小血漿濃度 (Cmin)が新たに加わりました。これは一定用量および用量最適化のどちらにも対応しています。
    • 新たなコマンドラインオプション -prm は、各化合物に使用された HTPK 入力データを含んでいる個別の出力ファイルを生成させます。これは、シミュレーション計算中に実際に使用された入力の記録を与えるので、入力優先として実験測定値を、フォールバックとして ADMET Predictor モデルを、それぞれ指定する場合などに有用です。
    • コマンドラインでの実行の場合、RefClearanceSource パラメーターにフォールバック値を指定することができます。これにより、例えば、優先値として肝ミクロソームクリアランスを、ファールバックとして肝細胞クリアランスを、それぞれ指定が可能です。
    • 計算結果の保存と表示を選択することができるオプションがGUIに加わりました。
  5. Toxicity モジュール
  6. 11の細菌変異性 Ames モデル:MUT_97+1537、MUT_m97+1537、MUT_98 MUT_m98、MUT_100、MUT_m100、MUT_102+wp2、MUT_m102+wp2、MUT_1535、MUT_m1535、MUT_NIHSが、NIHS による Ames/QSAR 国際チャレンジプロジェクトから得られた新たな独自データを取り入れて再構築されました。TA98 の相対的な重要性を説明する MUTx_Risk モデルや TA98、TA100、TA1535 株およびそれらの相互作用が、新規 Ames モデルについて調整されました。MUT_Risk ウェイトは変更されていませんが、 個々の菌株での予測結果が異なるため、MUT_Risk スコアも変わる可能性があります。全体として、これらの更新は Ames モデルの化合物空間領域を大幅に拡張し、ベンチマークである NIHS、Hansen、Congying のデータセットの感度と特異性が改善されました。

  7. ADMET Predictor Service (API)
  8. 通常の ADMET Predictor コマンドライン構文を用いてリクエストを送信するために新しいワークフロー (URI: /run_cmd) が追加されました。計算はサーバー上で起こり、コマンドラインから ADMET Predictor を実行して生成されされるものと同じ結果ファイルを生成しますが、実行の度にモデルを再ローディングするオーバーヘッドがありません。この新たな機能によって、ユーザー指定の pH 値における優勢なイオン化状態の予測など、これまで欠けていた機能が利用可能になりました。

    一定投与および投与最適化ワークフローの両方で、血中濃度-時間プロファイルを収集できるようになりました。ネットワーク帯域幅を狭めるため時間点のサンプリングを行うオプションもあります。

  9. コマンドライン
  10. 以下のワークフロースクリプトファイルが追加されました。

    • ms_generate_3d.txt 3D コンファマーの生成.
    • ms_mmff_energies.txt MMFF94s を用いた3D 構造のエネルギーの計算.
    • ms_mmff_minimize.txt MMFF94s を用いた3D 構造の最適化.
    • ms_align3d.txt 3D 構造の剛体アライメント.
    • ms_create_3dtemplates.txt 3D コンフォマー発生に用いられる 3D 環系テンプレートの生成.
    • ms_query_compounds.txt クエリを用いたファイルからの化合物選択.
    • ms_add_query_attributes.txt 化合物へのクエリベースの属性の追加.
  11. その他の変更点
    • ユーザー指定の pH 値で計算された pH-依存 ADMET 物性、あるいはまたディスクリプターを使用してモデルの構築および利用が可能になりました。
    • メニュー DATA >> Add Compound Attributes に Template Equation オプションが加わりました。これは、後に定数あるいは ユーザー定義属性にマップされる一般的なパラメーターを持つ式に基づいています。これらの式はカスタマイズ可能なインストール済みファイル TemplateEquations.cqf から読み込まれます。
    • スプレッドシートのカラム右クリックオプションの Insert Column に、New Transform Of Clicked Columnが加えられ、既存の数値属性の変換をカラムに追加することができます。変換則はカスタマイズ可能なファイル TemplateEquations.cqf から読み込まれます。
    • メニュー DESIGN に新たなオプションとして Single Transform が加わりました。これは CHEMISTRY >> Generalized Transform に似ていますが、複数の生成分子に対応するという点で異なり、ADMET Predictor の別ウインドウで表示されます。
    • Encoded Query 構文がキーワード avg によって2つの数値属性の平均を取るように拡張されました。例えば、“CYP1A2_CLint avg CYP3A4_CLint” のように使用します。同様のキーワード mrg は、ある数値属性の欠損値を別の属性の値に置き換えます。
    • Reactionフォーマットに NRX_RemoveStereo、NRX_RemoveAtomStereo、NRX_RemoveBondStereo の Named Reaction が追加されました。それぞれ、立体中心の原子と結合を取り除く、原子を取り除く、結合を取り除く、を担います。
    • コマンドラインオプション -pt が追加され、SD ファイル入力で使用できます。これは、出力される SD ファイルにできるだけ多くのオリジナルの SD レコード保存するためで、明示的水素、立体情報、S 基などが含まれます。
    • 互換異性体の標準化に使用される ANNE モデルが、文献編集や他の出展からのトレーニングセットへ大きく拡張することにより改良されました。
    • 次のモデリングディスクリプターが追加されました: T_Lipole、Lipole__3D、N_AntiArom、N_PiSysAtoms、ddRepul、lpRepul、AromAmide_c(=O)[nH].
    • 脂溶性を表す新しいディスクリプターが Atomic Properties ウインドウに表示できるようになりました。
    • 反応変換を定義するファイル moleculeTransforms.crf に新しい変換が加わりました。 これは、AIDD および Combinatorial Transforms の機能で使用されます。
    • MedChem Designer に、分子結合部の右クリックで表示される結合オプション
      E/Z Stereo >> Ignore / Infer From Coordinates が加わりました。これは、ファイルにエクスポートされた構造あるいは ADMET Predictor に転送された構造に作用します。
    • R Group Analyzer は、ユニークなR基置換基を定義するときに立体化学を考慮するようになりました。
    • HTPK 最適用量予測のグラフィカルインターフェイスで、より多くの有効桁数が表示されるようになりました。これにより、その後のシミュレーションでその最適用量を使用する際の不一致に対処できます。
    • Classes タブのカラムヒストグラム設定が XTK ファイルで保存できるようになりました。
    • 新しい関数型 sum が PLS ファイルでサポートされるようになりました。
  12. バグフィクス
  13. 以下の重要なバグをフィックスしました.

    • HTPK ワークフローでの S+FeSSIF モデルの使用は、FeSSIF-V1 ではなく FeSSIF-V2 メディアを正しく反映するようになりました。前者は、モデルを構築するためのデータ生成に使用されていました。
    • 3D SD ファイルを開く際にはすべての水素原子が保たれ、後に化合物がエクスポートされるときに正しく表現されるようになりました(予測される物性と共に)。
    • MedChem Designer で、”Align By Scaffold” 機能を使用した後や <Symmetry Flag> 原子ラベルを表示した後、立体化学が失われることがありました。
    • シス/トランス立体化学の解釈の問題により、SMILESを用いた部分構造検索が、同じSIMLESを用いて生成された化合物とマッチしないことがありました。その例として、 C(=O)(c1ccccc1)/C=C/C2c3c4c(C(=CC(=O)O4)C)ccc3C(=O)/C(=C\NCC)/C=2 などがあります。
    • AIDD が重複チェックの目的で入力シード分子の立体化学を考慮するようになりました。
    • ADMET Modeler で 2 つのディスクリプターがペアワイズ相関している場合、リストの1つめが常に削除されていました。
    • スクリプトファイルワークフローの ms_generate_pairs.txt は、コマンドラインを用いてパラメーターをオーバーライドすることを許可していませんでした。
    • 複数スレッドを用いた計算で、3D 構造が複数ある場合、ADMET 物性予測に失敗することがありました。
    • 親化合物から複数の兄弟代謝産物が生成されるような場合、代謝産物予測はカノニカルな結果が得られるようになりました。
    • 小数点記号としてカンマを使用している地域で、ADMET 物性計算が正しくない場合がありました。
    • R Group Analyzer の “n x n” ページにある右クリックメニューオプションが、左下の三角形のセルに対して正しく機能しない不具合を修正しました。
    • 外部アプリケーションで利用できるよう、AIDD から出力される SD ファイルが有効な 2D 座標を持つようになりました。
    • 高いポピュレーション閾値を用いた CC(Computational Chemist)コマンドラインワークフローが、以前は複数のマイクロステートを書き出すことがありましたが、ひとつだけのマイクロステートを書き出すようになりました。
    • S+logD モデルをオフにした場合、回帰不確かさの値が不正確になることがありました。
    • コマンドラインからの実行で、誤りを含んでいる化合物が入力された場合は出力されないはずの予測結果が出力されていました。

以上


リリースノートリスト:

ADMET Predictor® 10.3 Linux - Oct 4, 2021
ADMET Predictor® 10.3 - Oct 4, 2021
ADMET Predictor® 10.2 Linux - May 24, 2021
ADMET Predictor® 10.2 - April 28, 2021
ADMET Predictor® X Linux - October 13, 2020
ADMET Predictor® X - September 25, 2020
ADMET Predictor® 9.5 Linux - April 19 , 2019
ADMET Predictor® 9.5 - April 19 , 2019
ADMET Predictor® 9.0 Linux - Aug 8, 2018
ADMET Predictor® 9.0 - June 22, 2018
ADMET Predictor® 8.5 - November 30, 2017
ADMET Predictor® 8.1 - February 22, 2017
ADMET Predictor® 8.0 - Sep 8, 2016
ADMET Predictor® 7.2 - May 7, 2015
ADMET Predictor® 7.1 - Aug 6, 2014
ADMET Predictor® 7.0 - Apr 10, 2014
ADMET Predictor® 6.5 - Aug 16, 2013
ADMET Predictor® 6.11 - Sep 21, 2012
ADMET Predictor® 6.0 - May 1, 2012
ADMET Predictor® 5.5 - Apr 4, 2011
ADMET Predictor® 5.0 - Aug 10, 2010
ADMET Predictor® 4.0 - Aug 10, 2009
ADMET Predictor® 3.0 - Jul 25, 2008
ADMET Predictor® 2.3 - Oct 1, 2007
ADMET Predictor® 2.0.1 - Dec 1, 2006
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