ADMET Predictor^® 13.0 Linux 版 インストールガイド

【前提条件】

1. 標準ユーザーアカウントを備えた 64 ビット Linux マシン
2. 稼働中の Reprise ライセンスサーバーおよび有効なライセンスファイル

インストールを開始する前に、ADMET Predictor のライセンス要件について IT 部門にお問い合わせください。以下の手順は、Reprise ライセンスサーバー（ローカル、ネットワーク、またはクラウド）が既に稼働しているか、有効なライセンスファイルがあることを前提としています。

【インストール操作】

Step 1.

お使いのオペレーティングシステムに適したインストーラーファイルをダウンロードします。例えば、Ubuntu 24 の場合は、AP130_ub24_Install.tar.gz というファイルを入手します。お使いのオペレーティングシステムが見当たらない場合は、最も近いと思われるファイルを選択してください。

Step 2.

ADMET Predictor ファイルを保存するディレクトリを選択/作成します。例えば、ユーザーのホームディレクトリ（シングルユーザーの場合）や、各ユーザーがアクセスできるグローバルディレクトリなど。

Step 3.

ターミナルウィンドウを使用して、インストーラファイルを展開します。 例えば、

tar -xzf AP130_rhel8_Install.tar.gz

展開されたフォルダ名は ADMET_Predictor_v13_xyz という形式になります。xyz はオペレーティングシステム（例：ub24 または rhel8）を表します。以下の手順では、このフォルダを単に ADMET_Predictor_v13 と呼びます。

Step 4.

すべての承認されたユーザーが ADMET_Predictor_v13 ディレクトリへの「書き込み」権限を持っていることを確認します。プログラムは、モデルデータベース "ModelProperties.inp" と "TooltipsAndFormats.inp" を定期的に更新し、エラーログを作成および更新する必要があります。

Step 5.

ADMET_Predictor_v13 ディレクトリにある "RunAP.sh" シェルスクリプトを変更します。スクリプト内のコメントアウトされた指示に従って、2つの変数 ADMET_PREDICTOR_PATH と SIMPLUS_LICENSE_FILE を変更する必要があります。

Step 6.

ADMET_Predictor_v13 ディレクトリの中で以下のコマンドを実行してテストします。

$ ./RunAP.sh -t QMD Demo2D.qmd

標準出力に注意し、出力ファイル "Demo2D.dat" や "ADMET_Predictor_Errors.log"、 "Troubled_SMILES.txt" の内容をチェックしてください。 有効なコマンドライン引数の詳細については、ADMET Predictor マニュアルのコマンドラインセクションを参照してください。

注意事項：

1. ADMET Predictor バイナリには ADMET_Predictor と ADMET_Predictor_qt の 2種類があります。後者のバイナリは、「lib」というディレクトリで提供されている Qt ライブラリにリンクします。画像ファイルを作成する機能が必要な場合は、このバイナリが必要です。（例えば： pKa ミクロ状態の画像、代謝物ツリーなど）。
   RunAP.sh スクリプトは、デフォルトでバイナリ ADMET_Predictor を呼び出します。ADMET_Predictor_qt を使用する場合は、このファイルの最後の行を変更する必要があります。
2. Qt 対応版では、依存関係のインストールが必要になる場合があります。Debian（Ubuntu）では、libgl1、libegl1、libfontconfig1、libxkbcommon0 が、Fedora (Red Hat) では、mesa-libGL、mesa-libEGL、fontconfig、libxkbcommon パッケージが必要になる可能性があります。
3. クライアントは、プログラムを実行する際に必ず RunAP.sh スクリプトを使用してください。これは、必要な環境変数を設定するために重要です。このスクリプトは、マニュアルに記載されているものと同じオプションを受け入れます。
4. ADMET Predictor は、Linux 環境の Pipeline Pilot および KNIME ワークフローに組み込むことが可能です。Pipeline Pilot のコンポーネントとサブプロトコルは、「ADMET Predictor component for Pipeline Pilot.zip」アーカイブに置かれています。KNIME ノードの名前は ADMET_Predictor.knwf です。

ADMET Predictor Service

ADMET Predictor サービス（REST API）については、ADMETPredictorService.pdf というマニュアルに記載されています。Linux でサービスを実行する場合は、以下の手順に従ってください。サービスを実行する前に、前述のようにコマンドラインから ADMET Predictor を正常に実行することを強くお勧めします。これにより、ライセンス要件が満たされていることが保証されます。