ADMET Predictor^® 10.4 Linux 版 インストールガイド

【前提条件】

1. 一般ユーザアカウントが作られている Linux PC であること。
2. 社内ネットワーク、あるいはインストールする Linux PC 本体で Flexera License Server が起動されていること。
3. クライアントとなる Linux PC に Linux Standard Base (LSB) コアパッケージがインストールされていること。Ubuntu や同様のシステムでは、"sudo apt-get install lsb-core" などのコマンドを使用し、その他の Linux ディストリビューションでは、類似のコマンドを使用して、このパッケージをインストールしてください。

インストールを始める前に Flexera License Server が起動していることを確認ください。ADMET Predictor は正式なライセンスがないと実行できませんので、この点をご注意ください。Flexera License Server を Linux PC にインストールする場合は、以下を参照ください。

【インストール操作】

Step 1.

ADMET Predictor を置くディレクトリを選択、あるいは作成します（例えば、ユーザーの home ディレクトリの下、あるいは許可されたユーザーがアクセスできるディレクトリなど）。

Step 2.

端末ウィンドウで、AP104_Linux_Install.tar.gz ファイルを、tar コマンドを用いて展開します。

$ tar -zxvf AP104_Linux_Install.tar.gz

このディレクトリは使用するユーザーに対して読み込み/書き込み権限が必要です。これは、モデルデータベースである "ModelProperties.inp" や "TooltipsAndFormats.inp" が定期的に更新される必要があり、エラーログの "ADMET_Predictor_Errors.log" や "Troubled_SMILES.txt" も作成/更新されるためです。

Step 3.

ADMET_Predictor_v104 ディレクトリにある “RunAP.sh” を修正します。二つの変数、ADMET_PREDICTOR_PATH と SIMPLUS_LICENSE_FILE をこのスクリプトに書かれている説明にしたがって修正します。実行ファイルのパス、ライセンスファイルの（ポート番号と）サーバーIPを、例えば以下のように、それぞれ指定します。
例）

export ADMET_PREDICTOR_PATH=/home/guest/ADMET_Predictor_v104/
export SIMPLUS_LICENSE_FILE=49602@192.168.0.1

Step 4.

ADMET_Predictor_v104 ディレクトリの中で以下のコマンドを実行してテストします。

$ ./RunAP.sh -t QMD -d 2D Demo2D.qmd

標準出力に注意し、ファイル "Demo2D.dat" や "ADMET_Predictor_Errors.log"、"Troubled_SMILES.txt" の内容を調べて、もし、エラーが生じているようであれば、弊社までご連絡ください。

1. ADMET Predictor の Linux 版はコマンドラインを使って、計算結果をタブ区切りファイル（*.dat）やその他の形式のファイルに出力する使用法に限定されています。詳細は ADMET Predictor のマニュアルにある “Command Line” の章を参照ください。また、"RunAP.sh -h” でコマンドラインオプションを表示させることができます。
2. Linux 版には 2 次元座標を生成する機能はありません。そのため、RDF や SDF への出力の場合、すべての原子座標が 0 になります。ただし、SDF を入力として実行する pKa マイクロステートの出力オプション（-w オプション）の場合は例外です。この場合、入力ファイルの座標が出力ファイルに引き継がれます。
3. 実行形式ファイル “ADMET_Predictor” 自体を実行するのではなく、常に RunAP.sh シェルスクリプトを使ってプログラムを実行する必要があります。スクリプトは、マニュアルやチュートリアルで説明されているものと同じオプションを受け付けます。
4. ADMET Predictor は Linux 上の Pipeline Pilot と連携させることが可能です。Pipeline Pilot コンポーネントやサブプロトコルは "ADMET Predictor component for Pipeline Pilot.zip" に含まれています。

ご不明な点がございましたら弊社までご連絡ください。